Le mercure dans l'estuaire est principalement associé aux particules en suspension (>90%). Sa dynamique est donc gouvernée par les cycles érosion-dépôt des sédiments. Cependant deux réactions, la méthylation et la réduction, produisent sa mobilisation. La première, par la formation de méthylmercure, favorise la bioaccumulation; la seconde, par la formation de mercure élémentaire volatile, conduit à son recyclage atmosphérique. Les concentrations en mercure dans l'estuaire de la Seine, qui reçoit des eaux douces très contaminées, varie de 0,2 à 1,8ng/l en phase dissoute et de 0,3 à 2µg/g dans les suspensions. La contamination des sédiments, particulièrement forte dans l'estuaire amont (>1µg/g), diminue vers l'aval. Les niveaux mesurés dans les animaux ne sont, toutefois, qu'exceptionnellement supérieurs à la norme européenne de consommabilité. L'évolution temporelle des concentrations est en général à la baisse. Cependant, dans le flet, un poisson plat qui migre dans tout l'estuaire, la tendance à la baisse est moins nette.
