Dans l'estuaire de la Seine, la qualité microbiologique des eaux est régulièrement mesurée principalement via des énumérations de bactéries indicatrices de contamination fécale, tels que les coliformes. Ces mesures montrent une qualité bactériologique médiocre. Dans le cadre du programme Seine-Aval, un effort méthodologique considérable a été accompli afin de développer des techniques de détection et d'énumération de bactéries et de virus d'intérêt sanitaire ne présentant pas certains biais des techniques de routine basées sur la mise en culture. Une méthode enzymatique, permettant l'énumération rapide des coliformes fécaux, a été développée afin d'appréhender la dynamique de ce type de bactéries. Un modèle de la dynamique des bactéries fécales dans la Seine a ainsi pu être développé. Par ailleurs, des techniques basées sur les progrès récents de la biologie moléculaire ont été développées pour rechercher divers types de bactéries et virus en Seine.
