Sur près de 50km en aval de Rouen, la Seine est dépourvue d'oxygène pendant plus de six mois par an. Ce grave problème de qualité était plus aigu encore dans les années soixante.
Le niveau d'oxygénation de l'eau reflète étroitement le bilan de la photosynthèse algale, de la dégradation hétérotrophe de la matière organique, produite par les algues ou apportée par les effluents, et de l'oxydation de l'ammonium en nitrates par la nitrification. Les apports d'oxygène par le débit d'amont et les échanges avec l'atmosphère sont insuffisants pour compenser le déficit de ce bilan dès que le débit est inférieur à 500m3/s. La modélisation mathématique permet de mieux comprendre les variations à court terme de l'oxygénation de l'estuaire, liées au cycle des marées et à celui des saisons, et ses variations à long terme, liées aux changements de l'activité humaine dans le bassin depuis cinquante ans. Un tel outil permet d'évaluer les mesures à prendre pour améliorer le niveau d'oxygène dans l'avenir.
