Les mouvements des masses d'eau dans l'estuaire de la Seine sont contrôlés par les forçages physiques que sont la marée, le vent, les vagues et les apports d'eau douce et par la morphologie des fonds. Les effets de ces agents physiques sont successivement passés en revue et leurs interactions évoquées. Caractérisée par un long étal de pleine mer à l'embouchure, la mer se déforme de plus en plus en se propageant vers l'amont et les courants associés sont très asymétriques, sauf à l'extrémité des digues en aval, et dans la partie fluviale en amont de Rouen, le flot est dominant; il atteint localement 2,5 m/s. Le vent peut modifier les courants de marée, en particulier dans les secteurs peu profonds de l'embouchure, mais fait aussi varier le niveau de l'eau. Surtout, le vent soufflant en baie de Seine est à l'origine des vagues les plus agressives à l'embouchure. Le régime des agitations se révèle très sensible à la marée ainsi qu'au courant associé. Le mélange des eaux douces et marines, et les circulations moyennes induites qui contrôlent le devenir à moyen terme des effluents, sont décrits, en relation avec le débit de la Seine.
