Jusqu'en 1980, les études ont surtout mis l'accent sur la salubrité des coquillages pour pouvoir proposer un classement de la Baie.
Il est apparu qu'un effort d'assainissement sur le bassin versant devait être effectué pour garantir l'amélioration de la qualité des cours d'eau aboutissant dans la Baie des Veyx.
Compte tenu de la situation nouvelle (après 1980) où les principales causes de la pollution ont disparu, il a semblé nécessaire, pour mettre en évidence les pollutions résiduelles multiples et fugaces, de mettre en oeuvre un programme d'études plus important sur les cours d'eau pour mieux comprendre les mécanismes de pollution et définir la nature des actions complémentaires nécessaires, ainsi que leur priorité et leur limite.